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Biodiversité et ressources génétiques

Microscopie et imagerie du vivant

Technologies et modélisations agro-environnementales

Intéractions acteurs, ressources et territoires

Gestionnaire / tuteur

cirad
inra
supagro

Responsable(s)

Contact(s)

Pierre MOURNET

Téléphone

+33(0)4 67 61 49 26

Fax

+33(0)4 67 61 56 05

Web

www.gptr-lr-genotypage.com

email

pierre.mournet@cirad.fr

Adresse

UMR AGAP, CIRAD Lavalette
TA A-108/03, Avenue Agropolis
34398 Montpellier Cedex 5

Plateau GPTR-GENOTYPAGE

Grand Plateau technique Régional de Génotypage-Séquençage-Clonage

Cette plate-forme apporte son soutien à tout programme de génétique moléculaire appliqué aux plantes travaillées dans le cadre des l’IFR Sivem. Elle offre des possibilités importantes de génotypage (marqueurs moléculaires SSR, AFLP, EcoTilling, SNP) et de séquençage à moyen/haut débit. Elle permet de plus la construction, l’exploitation, et la gestion de ressources génomiques, en offrant des technologies d’élaboration de banques d’ADN diverses (BAC, cDNA, SSR, SSH, DArT etc…) s’appuyant sur un plateau de robotique à très haute productivité. Elle assure enfin une veille technologique et l’accueil et la formation de nombreux personnels (étudiants, techniciens, chercheurs) issus des communautés scientifiques montpelliéraine, nationale et internationale. Elle apporte enfin son expertise à la mise en place et à l’utilisation de technologies similaires dans d’autres sites.

Analyse du génome et de la diversité

  • Préparation de PCR à grande échelle
  • Migration de fragments en séquenceur automatique (SSR, AFLP, SNP par Ecotilling)
  • Production de banques spécialisées (SSR, BAC, ADNc …) et leur utilisation
  • Marqueurs DArT par hybrdation sur micro array.

Analyse d’expression de gènes par MacroArrays et par PCR quantitative

Activités de l'outil

Analyse structurale des génomes des plantes, recherche de polymorphismes moléculaires en vue de la connaissance, de la gestion et de l’utilisation de la diversité dans des programmes d’amélioration génétique des variétés. Les équipes impliquées développent des approches méthodologiques et prennent en considération différentes espèces de grand intérêt agronomique en fédérant les travaux selon des logiques biologiques, thématiques, méthodologiques et partenariales. Un grand nombre d’espèces tropicales et tempérées sont étudiées. Pour chaque espèce étudiée, les travaux se focalisent sur les caractères agronomiques prioritaires pour la gestion des cultures et la création de nouvelles variétés.

La plate-forme assure une veille technologique

4 ETP d’ingénieurs, un Comité Scientifique soutien l’action des gestionnaires. Il comprend des représentants des UMRs impliquées, ainsi que des scientifiques représentatifs des utilisateurs. Il a la mission d’évaluer l’efficacité de l’organisation mise en place et de statuer sur les propositions de développement.

8 ETP de techniciens, la plate-forme est gérée par un Comité de Gestion, composé des gestionnaires des plateaux techniques Xavier Sabau (robotique), Ronan Rivallan (génotypage Cirad), Sylvain Santoni (responsable atelier marquage moléculaire INRA) et AM Risterucci (responsable plateaux génomique).

La plateforme accueille et forme de nombreux personnels (étudiants, techniciens, chercheurs) issus des communautés scientifiques montpelliéraine, nationale et internationale.
Les personnels dédiés à la plateforme participent régulièrement à l’organisation de formations, en interne comme dans des centres étrangers, sur les outils à la disposition des généticiens et biologistes. Le montage de modules de formation avec les autres acteurs de la plate forme et de l’IFR est souhaitable et envisageable.

Exemples de projets

  • Projet ARcAD, (Agropolis Resource Center for Crop Conservation, Adaptation and Diversity) un des deux projets étendards de la fondation Agropolis, implication importante du plateau dans les sous programmes 1 ,2 et 3, et learder du SP6 « DNA bank ».
  • Projet Région LR Gepetos (Grands Equipements Pour l’Evolution. Technologique et l’Ouverture Scientifique)  « Développement d'un plateau technique national de génotypage par marqueurs DArT au sein de la plate-forme génotypage séquençage clonage de la région Languedoc-Rousillon ».
  • Accueil de projets de caractérisation de ressources génétique pour de nombreux partenaires publics, organismes et universités (Conservatoire Botanique National Méditerranéen de Porquerolles, Museum National d’Histoire Naturelle, Centre de Bio-Archéologie et d'Ecologie de Montpellier, Centre IRD de Nouvelle Calédonie, INRA Clermont Ferrand..etc).

Duplication de ressources biologique pour des startups des régions Languedoc-Roussillon et Midi-Pyrénnées.

Participation à des projets de génotypage impliquant la filière semencière et les centres techniques.

Collaboration avec les équipes des centres internationaux de recherche agronomiques (CGIAR), Challenge Program Generation.

Cette plate-forme fait partie des grands plateaux techniques référencés et soutenus par la Région Languedoc-Roussillon.

Ressources et moyens

Le GPTR est situé sur deux sites montpelliérains, les campus de Lavalette (bat3) et de la Gaillarde (bat 33).

Le laboratoire robotique Bat3 Lavalette est agrée classe2.

Matériel Génotypage

  • 1 analyseur de fragments 24 capillaires Apllied 3500 XL
  • 3 séquenceurs 16 capillaires ABI 3130xl (2 GPTR, 1 IFV)
  • 6 analyseurs de fragments d’ADN (séquenceur automatique) Li-Cor® : 2 modèles 4200, 2 modèles 4200-02G IR2, 2 modèles 4300S
  • De nombreux blocs PCR Eppendorf et MJ research (14 de 384 puits, 18 de 96 puits)
  • Un appareil de pCR quantitative Q-PCR Lightcycler 480 Roche pour génotypage par courbe de fusion.

Plate-Forme de génotypage marqueurs DArT

  • 1 lecteur laser TECAN LS300
  • 1 spotteur Microgrid

Matériel Robotique

  • Colony Picker GENETIX QPIX II XT ( picking, replicating, re-arraying, macroarrays)
  • Robot Beckmann Biomek 3000/9600 (extraction ADN, plasmides, BAC).
  • Robot Beckmann Biomek NX: tête 8 et 96 (préparation PCR, réarrangements).
  • Deux robots de pipetage Hamilton MicroLabStar 8 canaux.

6 postes de traitements de données dédiés au traitement et à l’accueil des personnels extérieur à l’unité.

GeneMapper 4.1, Quantar Pro, Saga, SagaCity.

Constructions de ressources biologiques, banque génomique enrichies en locus microsatellites, ressources DArT. Duplication automatisée de toute ressource biologique (banque BAC, cDNA).

Conditions d'accès

Cette plate-forme offre un panel de technologies de génotypage/séquençage/robotique complémentaires accessibles à toutes les équipes de l’IFR Sivem ainsi qu'à des équipes scientifiques extérieures tant privées que publiques.

Utilisateurs prioritaires: Partenaires

Utilisateurs autorisés: Le degré d’ouverture effectif et accepté sur les deux dernières années de fonctionnement est de 40%, ce degré d’ouverture sera maintenu.

Préalablement à l’utilisation des plateaux, une présentation et une formation aux techniques mises en œuvre sont faites à l’équipe intéressée.

Suivant les projets, le personnel dédié apporte une aide et un suivi scientifique (micro-informatique, bio-technologique, organisation et interprétation des données…).

Une étude de la faisabilité du projet à effectuer est notamment réalisée dans le cadre du plateau robotique ; des conseils sur le travail en amont pour l’optimisation et la qualité du produit fini sont communiqués.

Par l’accueil au sein de l’unité de chercheurs techniciens et étudiants.

Oui, après respect de la procédure de présenation du plateau et la formation.

http://www.gptr-lr-genotypage.com/ifr_127_005.htm

Références et résultats obtenus

Entre 2007 et 2010 les travaux menés sur le GPTR génotypage ont été valorisés par 125 publications scientifiques dans des revues internationales de rang A.

Selection de publications 2010 :

Argout X, Salse J, Aury JM, Guiltinan MJ, Droc G, Gouzy J, Allegre M, Chaparro C, Legavre T, Maximova SN, Abrouk M, Murat F, Fouet O, Poulain J, Ruiz M, Roguet Y, Rodier-Goud M, Barbosa-Neto JF, Sabot F, Kudrna D, Ammiraju JS, Schuster SC, Carlson JE, Sallet E, Schiex T, Dievart A, Kramer M, Gelley L, Shi Z, Bérard A, Viot C, Boccara M, Risterucci AM, Guignon V, Sabau X, Axtell MJ, Ma Z, Zhang Y, Brown S, Bourge M, Golser W, Song X, Clement D, Rivallan R, Tahi M, Akaza JM, Pitollat B, Gramacho K, D'Hont A, Brunel D, Infante D, Kebe I, Costet P, Wing R, McCombie WR, Guiderdoni E, Quetier F, Panaud O, Wincker P, Bocs S, Lanaud C.
The genome of Theobroma cacao. Nature Genetics Year published:(2010) doi:10.1038/ng.736 Accepted 01 December 2010 Published online26 December 2010

Achtak, H., M. Ater, A. Oukabli, S. Santoni, F. Kjellberg, and B. Khadari. 2010. Traditional agroecosystems as conservatories and incubators of cultivated plant varietal diversity: the case of fig (Ficus carica L.) in Morocco. BMC Plant biology. 10:28.

Bousalem M., Viader V., Mariac C., Gomez RM., Hochu I., Santoni S., David J. (2010). Evidence of diploidy in the wild Amerindian yam, a putative progenitor of the endangered Dioscorea trifida (Dioscoreaceae). Genome. 53:371-383.

Herrmann D., Barre P., Santoni S., Julier B. 2010. Association of a Constans Gene to Flowering and Height in Autotetraploid Alfalfa. Theor Appl Genet 121:865–876

Hippolyte I., Bakry F., Seguin M., Gardes L., Rivallan R., Risterucci A.M., Jenny C., Perrier X., Carreel F., Argout X., Piffanelli P., Khan I.A., Miller R.N.G., Pappas G.J., Mbéguié A Mbéguié D., Matsumoto T., De Bernardinis V., Huttner E., Kilian A 2010. A Saturated SSR/DArT linkage map of Musa acuminata addressing genome rearrangements among bananas. BMC Plant Biology 10(65)

Billotte N., Jourjon M.F., Marseillac N., Berger A., Flori A., Asmady H., Adon B., Singh R., Nouy B., Potier F., Cheah S.C., Rohde W., Ritter E., Courtois B., Charrier A. 2010. QTL detection by multi-parent linkage mapping in oil palm (Elaeis guineensis Jacq.). Theoretical and Applied Genetics 120(8). 1673-1687.

Démarche qualité/sécurité/label

Le plateau est labellisé Grand Plateau Technique Région Languedoc-Rousillon.

Afin de clarifier les dispositifs labellisés au plan national le Grand Plateau Technique

Régional de Génotypage rejoindra, avec la plate-forme de PCR quantitative de l’Université Montpellier2, la plate-forme Montpellier Genomix (MGX).

Informations diverses

Partenaires: toutes Unités des Labex AGRO  et CeMeB

Unité de recherche support: UMR AGAP

Partenaires

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Financeur(s)

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Directeur de publication : Laurent Bruckler - Contact : contact@eliosud.fr
Inra, Montpellier SupAgro, Cirad

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