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Biodiversité et ressources génétiques

Microscopie et imagerie du vivant

Technologies et modélisations agro-environnementales

Intéractions acteurs, ressources et territoires

Responsable(s)

Jean-Luc VERDEIL, chercheur HDR, responsable scientifique

Contact(s)

Geneviève CONEJERO, responsable technique

Téléphone

+ 33 (0)4 67 61 58 30 ou +33 (0)4 67 61 75 30

Fax

+ 33 (0)4 67 61 65 90

Web

phiv.cirad.fr

email

imagerie@cirad.fr

Adresse

Cirad
TA A-96 / 02
Avenue Agropolis 34398 Montpellier Cedex 5
Voir le plan d'accès

PHIV

Histocytologie et imagerie cellulaire végétale

PHIV est un outil commun Inra-Cirad de recherche en imagerie du végétal créé en 2003 pour l’étude de la biologie du développement des plantes et du transport des principauxions.

La plate-forme propose un environnement scientifique, des équipements, de l’expertise et du personnel de haut niveau qui vous permettront de mener à bien des projets nécessitant l’utilisation de l’imagerie pour différentes applications.

La plate-forme d’histocytologie et d’imagerie cellulaire végétale (PHIV) est membre de la plate-forme régionale d'imagerie du Languedoc-Roussillon, Montpellier Rio Imaging (MRI).

Activités de l'outil

PHIV développe et met en œuvre des techniques de visualisation moléculaire et cellulaire en 3D et in vivo chez les plantes (de la préparation des échantillons à l’observation et à l’interprétation des images) et permet l’intégration des données issues de la biochimie, de la biologie moléculaire et de la protéomique aux données anatomiques et cytologiques (relations structure-fonction).

Nos savoirs-faire

  • Histocytologie : ensemble de techniques permettant d’aborder les relations structure-fonction tant au niveau cellulaire que tissulaire.
  • Hybridation in situ : technique puissante utilisée pour visualiser les ARN messagers dans les tissus et les cellules, permettant ainsi une analyse spatiale et temporelle de l’expression des gènes dans les tissus végétaux.
  • Immuno-localisation : localisation tissulaire ou cellulaire de protéines dans les organes végétaux par reconnaissance antigène-anticorps grâce à des anticorps spécifiques dirigés contre la protéine que l’on cherche à localiser.
  • Cytogénétique moléculaire : technique permettant d’analyser l’organisation des génomes.
  • Anatomie comparative : étude en profondeur de la structure des tissus et des cellules pour une meilleure compréhension de l’adaptation à une certaine fonction et plus largement de l’adaptation de la plante entière aux variations de l’environnement.
  • Microscopie optique adaptée à l’observation des tissus végétaux.
  • Traitement et analyse des images nécessaire pour valoriser leur interprétation.

Nos prestations

Nous vous accompagnons tout au long du processus de mise en œuvre des techniques d’imagerie, depuis la définition de vos besoins jusqu’à l’interprétation des résultats par :

1/ Conseil et expertise

  • Conseil aux utilisateurs dans le choix des systèmes d'imagerie les plus adaptés à leur problématique.
  • Aide à la conception des outils, des protocoles et à la mise en place de l'expérience.
  • Expertise pour l'interprétation des résultats.

2/ Formation et encadrement

  • Formation préalable des utilisateurs.
  • Encadrement des utilisateurs pour la réalisation des expériences, pendant le traitement et l'analyse d’images.

3/ Veille technologique, méthodologique et bibliographique active.

Ressources et moyens

Moyens humains

PHIV met à disposition des compétences pluridisciplinaires garant de la qualité de son expertise  au travers d’un personnel mutualisé (Inra et Cirad) appartenant à deux UMR BPMP et Agap:

  • 2 responsables scientifiques
  • 5 agents techniques et administratifs, dont un ingénieur qualité et un correspondant sécurité

Moyens techniques et logiciels

PHIV dispose de 250 m² de locaux : laboratoires d’histologie, salles de microscopie et bureaux.

Équipements à disposition des utilisateurs de la plateforme

Dispositifs de découpe en lames minces

  • quatre microtomes (un microtome historange LKB, deux microtomes Leica RM2255, un ultra microtome Leica RM2265)
  • un vibratome (HM650v Microm)
  • un cryotome (HM 520 Microm)

Thermocycleur pour lame, automate à inclusion, micro-onde pour l’histologie

Microscopes optiques

  • trois microscopes à épifluorescence (Leica : DMRXA, DM4500DM, 6000B)
  • un Real Time Microscope unique en France (Richardson)
  • un microscope multiphotonique (Zeiss 510 Meta NLO, laser pulsé infrarouge Chameleon Ultra II Coherent)

Stations d’acquisition, de traitement et d’analyse d’images

  • un PC avec le logiciel ImageJ
  • un PC avec le logiciel Volocity pour la déconvolution et la reconstruction en 3D
  • un Mac avec les logiciels OpenLab et Volocity

Conditions d'accès

PHIV est ouverte aux secteurs public et privé ; régional, national et international ; sans aucune condition thématique, institutionnelle ou géographique.

PHIV fonctionne aussi bien par appel à projets qu’en prestation de services. L’accès aux moyens de PHIV n'est pas conditionné par l'établissement d'une collaboration préalable.

Aucune condition de connaissance et savoir-faire préalables en imagerie n’est requise.

Les conditions d’utilisation de PHIV sont fixées par la charte des plates-formes de recherche en sciences du vivant. Les utilisateurs de PHIV prennent connaissance des règles de sécurité lors d’une visite initiale.

La réservation des outils se fait par courriel auprès du Cirad (imagerie@cirad.fr) ou en ligne sur le site internet de MRI (http://www.mri.cnrs.fr).

Références et résultats obtenus

PHIV possède une expérience reconnue sur de nombreuses espèces végétales à vocation alimentaire, industrielle et forestière, notamment acacia, bananier, cacaoyer, caféier, cocotier, frêne, hévéa, lin, manguier, palmier, pin, pommier, riz, vanille, vigne.

Ces sociétés nous ont fait confiance : start-up Ellis, IFV, Imeca, Megagreen, TriboTechnologies, Vilmorin.

Quelques publications

Wuyts N, Palauqui JC, Conejero G, Verdeil JL, Granier C, Massonnet C (2010). High-contrast three-dimensional imaging of the Arabidopsis leaf enables the analysis of cell dimensions in the epidermis and mesophyll. Plant Methods. 2010 Jul 2;6:17.

Fernandez R, Das P, Mirabet V, Moscardi E, Traas J, Verdeil JL, Malandain G, Godin C (2010). Imaging plant growth in 4D: robust tissue reconstruction and lineaging at cell resolution. Nat Methods. 2010 Jul;7(7):547-53.

Cuéllar T, Pascaud F, Verdeil JL, Torregrosa L, Adam-Blondon AF, Thibaud JB, Sentenac H, Gaillard I. (2010) A grapevine Shaker inward K(+) channel activated by the calcineurin B-like calcium sensor 1-protein kinase CIPK23 network is expressed in grape berries under drought stress conditions. Plant J. ;61(1):58-69.

Roschzttardtz H, Conéjéro G, Curie C, Mari S. (2010) Straightforward histochemical staining of Fe by the adaptation of an old-school technique: Identification of the endodermal vacuole as the site of Fe storage in Arabidopsis embryos. Plant Signal Behav. 22;5(1).

Jabnoune M, Espeout S, Mieulet D, Fizames C, Verdeil JL, Conéjéro G, Rodríguez-Navarro A, Sentenac H, Guiderdoni E, Abdelly C, Véry AA.(2009) Diversity in expression patterns and functional properties in the rice HKT transporter family. Plant Physiol. 150(4):1955-71.

Roschzttardtz H, Conéjéro G, Curie C, Mari S. (2009) Identification of the endodermal vacuole as the iron storage compartment in the Arabidopsis embryo. Plant Physiol. 151(3):1329-38.

Parent B, Conéjéro G, Tardieu F.(2009) Spatial and temporal analysis of non-steady elongation of rice leaves. Plant Cell Environ. 32(11):1561-72.

Démarche qualité/sécurité/label

Afin de maintenir le haut niveau des travaux de recherche menés grâce à la plateforme PHIV, nous avons mis en place une démarche qualité recherche locale qui s’applique à toutes nos activités.

MRI est labelisée IBiSA et a obtenu la certification Iso 9001-2008 en octobre 2009 pour ses moyens optiques ; ces labelisations s’étendent à l’ensemble de ses plateaux, dont PHIV pour ses microscopes.

PHIV a également été reconnue comme «plate-forme» par la commission nationale des outils collectifs (Cnoc) de l’Inra en janvier 2009.

La démarche sécurité mise en place au sein de PHIV est intégrée dans l’organisation sécurité du Cirad et est animée par un correspondant sécurité.

Informations diverses

De nombreux projets sont en cours dont certains sont coordonnés par PHIV

Etude du couplage de l’imagerie RMN et de l’imagerie multiphotonique par développement de techniques de recalage des deux sources d’images.

Développement de nouvelles applications logicielles pour le traitement et la valorisation des images 3D, en collaboration avec MRI et avec l’Inria.

Expériences de FRET par fluorescence résolue dans le temps (FLIM, étude d’interactions moléculaires in situ)

Partenaires

cirad
cnrs
inra
supagro
um2

Financeur(s)

lr
ird

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Directeur de publication : Laurent Bruckler - Contact : contact@eliosud.fr
Inra, Montpellier SupAgro, Cirad

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