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Gestionnaire / tuteur

inra

Responsable(s)

Christine GRANIER, responsable scientifique

Contact(s)

Myriam DAUZAT, responsable technique

Téléphone

+33 (0)4 99 61 29 50

Fax

+33 (0)4 67 52 21 16

Web

bioweb.supagro.inra.fr/phenopsis

email

granier@supagro.inra.fr, dauzat@supagro.inra.fr

Adresse

INRA
Laboratoire d'Ecophysiologie des Plantes sous Stress Environnementaux
Bât 7, 2 place Viala
34060 Montpellier cedex 1

PHENOPSIS

Automate de phénotypage dédié à Arabidopsis thaliana

La plate-forme PHENOPSIS est un prototype construit par Optimalog (France). Il permet de peser, irriguer précisément et prendre des photos de plantes d’A. thaliana individuellement dans des conditions environnementales rigoureusement contrôlées.

Activités de l'outil

Nature des activités et services proposés

Le Plateau technique PHENOPSIS est composé de 3 automates (PHENOPSIS 1, 2 et 3) qui permettent de peser, irriguer précisément et prendre des photos (Infra Rouge, Visible) de 1512 plantes d'Arabidopsis thaliana individuellement dans des conditions environnementales rigoureusement contrôlées (504 plantes par automate). Ces 3 automates sont placés dans 3 chambres de culture différentes (C1, C2 et C3) dont les conditions environnementales peuvent être modulées suivant les besoins de l’expérimentation (photopériode, température, humidité de l’air).

Les automates ont été construits par la société Optimalog

http://www1.montpellier.inra.fr/ibip/lepse/ressources/phenopsis.htm

Le plateau technique PHENOPSIS permet de produire des plantes d’Arabidopsis thaliana en conditions très contrôlées. Il est possible d’analyser les effets combinés du déficit hydrique du sol, de l'air, de la photopériode et de la température sur le développement de ces plantes, et de combiner ces analyses avec des mesures physiologiques, biochimiques et/ou moléculaires (voir ci-dessous les exemples de projets).

  • Veille technologique, méthodologique et bibliographique active
  • Une aide à la conception des protocoles sera apportée pour optimiser l’utilisation de Phénopsis et répondre au mieux aux problématiques des utilisateurs.
  • Un encadrement des utilisateurs pendant la réalisation des expériences sera assuré, avec supervision du responsable technique.
  • Une formation aux outils liés à Phénopsis sera conférée aux utilisateurs, avec supports méthodologiques (Modes opératoires, notes techniques…)
  • Un conseil technique sera apporté durant les expérimentations
  • Un accompagnement peut être apporté pour le montage d’un projet collaboratif ou non.

Exemples de projets menés

  • Analyse de la croissance, la transpiration et/ou la photosynthèse de génotypes d’Arabidopsis thaliana soumis à différents contraintes environnementales (coll. BPMP Montpellier, Université de Toulouse, CEA Cadarache)
  • Production de données phénotypiques dans des populations de lignées recombinantes pour des analyses QTLs (coll. INRA Versailles)
  • Production de matériel végétal caractérisé (feuilles) pour des analyses biochimiques (coll. INRA Versailles, Université Bordeaux)
  • Identification de génotypes d’Arabidopsis thaliana qui maintiennent leur développement foliaire en réponse à une contrainte hydrique du sol (Coll. Bayer)
  • Production de matériel végétal caractérisé et produit dans différentes conditions environnementales pour des analyses de transcriptome, protéome, métabolome…(coll. ETH Zurich, MPI Golm, PSB Gent)
  • Production de matériel végétal ou de données phénotypiques dans des populations de lignées recombinantes pour des analyses QTLs (coll. MPI Cologne, Genetics Wageningen)
  • Analyse multi-échelle de la croissance foliaire de différents génotypes d’Arabidopsis thaliana et leur réponse au stress hydrique du sol (Coll. PSB Gent, Université de Warwick, Université de Genève…)

Ressources et moyens

Locaux et/ou équipements

Nous disposons de : laboratoires adaptés à la manipulation des plantes et à l’analyse de leurs croissance ( Microscopes, Scanners). PC munis de logiciels d’analyse d’images avec macros affectées.

Laboratoire avec les équipements de bases pour les analyses biochimiques, étuves et Congélateurs-80°C

Pour les locaux : agréments en cours (vétérinaire, phytosanitaire, radio,…)

Le Laboratoire a obtenu un agrément OGM en 2010 pour la recherche ayant un lien avec Phenopsis et le matériel dédié. Tout apport de semences OGM extérieures est soumis à l’obtention d’un agrément spécifique par le laboratoire obtenteur.

Base de données mises à disposition

Un système d’information, Phénopsis DB, a été créé avec le Système de Gestion de Base de Données MySQL 5.0 pour répondre aux besoins de stockage, organisation, analyse d’ 1 Téra de données annuelles. Cette base est disponible depuis un poste quelconque pour un accès public ou privé (avec login et mot de passe) : http://bioweb.supagro.inra.fr/phenopsis/InfoBDD2.php

Moyens informatiques mis à disposition

  • Chaque automate dispose d’un PC dédié à la supervision de l’automate et le pilotage de la climatisation de la chambre de culture.
  • Chacun des automates est contrôlable à distance, avec prise de commande à partir d’un PC quelconque y compris en dehors du campus.
  • Les logiciels affectés à l’automate et à ses options sont disponibles sur le PC réservé

Collections de ressources biologiques mises à disposition

Un respect des consignes de sécurité et de manipulation des OGM est une condition à toute utilisation de PHENOPSIS

Conditions d'accès

Politique d’ouverture

Partenaires de projets financés / IBIP

Phénopsis est ouvert à tous les secteurs privés ou publics, nationaux, internationaux, sous certaines conditions (nous consulter).

Modalités pratiques

Une entente préalable sera nécessaire, un devis proposé.

Les projets partagés sont étudiés. Ils rentrent dans le cadre d’une collaboration scientifique.

Toute réservation fait l’objet d’une entente préalable avec les responsables: granier@supagro.inra.fr, dauzat@supagro.inra.fr

Une tarification est en cours d’étude. Elle sera proposée aux porteurs de projets de recherches utilisant l’outil Phénopsis avec différentes modalités : culture simple, participation active de personnel extérieur, utilisation des différents outils liés…

Références et résultats obtenus

Publications : publications récentes les plus significatives en terme de résultats, de partenariats

Granier C, Aguirrezabal L, Chenu K, Cookson SJ, Dauzat M, Hamard P, Thioux JJ, Rolland G, Bouchier-Combaud S, Lebaudy A, Muller B, Simonneau T & Tardieu F (2006) PHENOPSIS, an automated platform for reproducible phenotyping of plant responses to soil water deficit in Arabidopsis thaliana permitted the identification of an accession with low sensitivity to soil water deficit. New Phytologist, 169 (3): 623-635.

Aguirrezabal L, Bouchier-Combaud S, Radziejwoski A, Dauzat M, Cookson SJ & Granier C (2006) Plasticity to soil water deficit in Arabidopsis thaliana: dissection of leaf development into underlying growth dynamic and cellular variables reveals invisible phenotypes. Plant, Cell and Environment, 29: 2216-2227.

Tisné S., Reymond M., Vile D., Fabre J., Dauzat M., Koornneef M. & Granier C. (2008) Combined genetic and modeling approaches reveal that epidermal cell area and number in leaves are controlled by leaf and plant developmental processes in Arabidopsis. Plant Physiology 148, 1117-1127.

Ghandilyan A, Barboza L, Tisné S, Granier C, Reymond M, Koornneef M, Schat H, Aarts MGM. (2009) Genetic analysis identifies quantitative trait loci controlling rosette mineral concentrations in Arabidopsis thaliana under drought. New Phytologist 184: 180-192.

Massonnet C, Vile D, Fabre J, Hannah MA, Caldana C, Lisec J, Beemster GTS, Meyer RC, Messerli G, Gronlund JT, Perkovic J, Wigmore E, May S, Bevan MW, Meyer C, Rubio-Díaz S, Weigel D, Micol JL, Buchanan-Wollaston V, Fiorani F, Walsh S, Rinn R, Gruissem W, Hilson P, Hennig L, Willmitzer L & Granier C (2010) Probing the reproducibility of leaf growth and molecular phenotypes: a comparison of three Arabidopsis accessions cultivated in ten laboratories Plant Physiology 152, 2142-2157.

Tisné S, Schmalenbach I, Reymond R, Dauzat M, Pervent M, Vile D & Granier C (2010) Keep on growing under drought : genetic and developmental bases of the response of rosette area using a recombinant inbred line population. Plant Cell and Environment 33: 1875-1887

Irène Hummel, Florent Pantin, Ronan Sulpice, Maria Piques, Gaëlle Rolland, Myriam Dauzat, Angélique Christophe, Marjorie Pervent, Marie Bouteillé, Mark Stitt, Yves Gibon, Bertrand Muller ( 2010) Arabidopsis thaliana plants acclimate to water deficit at low cost through changes of C usage; an integrated perspective using growth, metabolite, enzyme and gene expression analysis. Plant Physiol. 154(1):357-372

Yann Aubert, Denis Vile, Marjorie Pervent, Didier Aldon, Benoît Ranty, Thierry Simonneau, Alain Vavasseur, Jean-Philippe Galaud (2010) RD20, a stress-inducible caleosin, participates in stomatal control, transpiration and drought tolerance in Arabidopsis thaliana. Plant Cell Physiol. 51(12):1975-1987

Démarche qualité/sécurité/label

Les conditions d’utilisation de Phénopsis seront bientôt conformes à la Charte des plates-formes de recherche en sciences du vivant.

Labellisation en cours : IBISA

Informations diverses

Partenaires

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Directeur de publication : Laurent Bruckler - Contact : contact@eliosud.fr
Inra, Montpellier SupAgro, Cirad

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